Los municipios con mayor afectación por conflicto armado son los que se encuentran en las subregiones del medio y bajo Putumayo. Siendo que los municipios que se enmarcan en los niveles de severidad extremo y catástrofe son Puerto Leguizamo, Valle del Guamuez, Puerto Guzmán, Puerto Caicedo, San Miguel, Orito y Puerto Asís. En donde se identifica con mayor necesidad y premura en el departamento los clústeres de: protección, Seguridad Alimentaria y Nutrición (SAN), Salud, Educación en Emergencias (EeE) y Agua Saneamiento e Higiene (WASH).
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