La Región Amazónica enfrenta desafíos múltiples. Uno de los más críticos es el deterioro de la salud pública, producto de la falta de acceso a agua potable, el déficit en servicios de saneamiento y el aumento de enfermedades transmitidas por vectores, como el dengue y la malaria. A ello se suman los altos niveles de malnutrición y la precariedad en infraestructura básica.
También se evidencian graves afectaciones ambientales, derivadas de la deforestación, la expansión de cultivos ilícitos y la contaminación de fuentes hídricas y suelos por el uso de químicos en actividades de minería ilegal y producción de coca. Estas problemáticas impactan directamente en la salud ambiental y en la calidad de vida de las comunidades que dependen de estos ecosistemas.
Como en el Pacífico, se ha identificado un debilitamiento de los liderazgos comunitarios y de las autoridades étnicas, como consecuencia de agresiones y homicidios en contra de líderes sociales, lo cual socava la capacidad de organización y protección comunitaria frente a las amenazas del conflicto y los desastres.